'X-Men: Primeira Classe' mostra o início da épica batalha da franquia 'X-Men' e revela a história secreta de famosos eventos globais. Antes dos mutantes se revelarem para o mundo, e antes de Charles Xavier e Erik Lensherr se chamarem Professor X e Magneto, eles eram dois jovens descobrindo seus poderes.

Enquanto ainda eram amigos, eles trabalhavam em conjunto com outros mutantes (alguns conhecidos, outros não) para impedir o Armageddon.

Durante o processo, uma grave rinxa começa entre a dupla, e dá início à eterna guerra entre a Irmandade de Magneto e os X-Men do Professor X.